Вроде уже была тема на форуме точно с таким же движком и шаблоном)
Нужно уникализировать шаблон, ссылки внутри сайта. Добавить уникальный текст, описание на страницы. Возможно Яндекс счел сайт за дорвей. Попробуйте отписаться Платонам по этому поводу.